O Protocolo de Kyoto fixa metas de redução de emissões de gases de efeito estufa e estabelece o chamado Mecanismo de Desenvolvimento Limpo (MDL). Esse mecanismo foi criado com o objetivo de reduzir os custos dos projetos que visem à diminuição das emissões de gases de efeito estufa, quando implementados em países em desenvolvimento, incentivando, dessa forma, o desenvolvimento sustentável e criando oportunidades para a transferência de tecnologia para esses países. Por essa característica, o MDL tem sido considerado um mecanismo atrativo, tanto para os países industrializados quanto para os em desenvolvimento. Tal mecanismo, porém, tem apresentado algumas limitações que, no caso de projetos florestais de MDL, são em grande número. Essas limitações estão relacionadas
a) à comprovação de que o projeto promoverá a redução de emissões ou a remoção de carbono de uma forma adicional em relação ao que ocorreria na ausência do projeto.
b) ao risco de vazamento de combustíveis fósseis (mudanças nas emissões antropogênicas de gases de efeito estufa que ocorreriam fora dos limites do projeto) e à não permanência de CO2 (a possível reversão do carbono estocado nas florestas para a atmosfer.
c) ao caráter temporário dos créditos, válidos apenas durante o primeiro período de compromisso.
d) ao alto grau de incerteza e ao alto custo de implementação e monitoramento.
e) aos altos preços dos créditos de carbono florestal no mercado, quando comparados àqueles gerados por projetos do setor energético.